Осыдан кейін Сырдария қазақтарымен Хиуа билеушілерінің арасындағы күрес күшейе түсті. 1847 жылы Хиуа хандығының әскерлері өзен бойындағы қазақтарды егістікпен және пайдалы мал жайылымынан айыру үшін Қуандария өзенін бөгеп тастады, сөйтіп олардың қазақ жеріндегі озбырлығы одан әрі қарай жалғасты.
Бұл кезде Сырдария қазақтары солтүстік-батыс жақтан өз мекендеріне басып алу қаупін туғызған орыс отарлаушылығына қарсы күреске шыға бастады. Өйткені, 1849 жылы Райым бекінісіне Орынбор қазақ-орыстарының алғашқы жиырма алты отбасы қоныстандырылды. Олар бірте-бірте қазақтарды отырған жерлерінен ығыстырды. 1853 ж. орыс әскерлері Ақмешітті басып алып, жаңадан Сырдария әскери желісі пайда болды. Оған Раиым бекінісінен Ақмешітке дейінгі жерлер кірді. Бұл жерде патша өкіметінің әкімшілігі өте қатты отарлы тәртіп орнатты. Осының нәтижесінде 1857 жылға дейін үш мың қазақ отбасылары өздерінің бұрынғы тұрған құнарлы егістік жерлерінен айырылды. Олар егін салуға жарамайтын, егінді суаруы үшін ағып суы жоқ жерлерге қуылды.
Қазақ жерлерінде казак-орыс қоныстанушылары үлкен артықшылықтарымен пайдаланды, мұның өзі қазақ халқын аяусыз қанауға әкеп соқты. Қазақтардан жиналатын салықтың көлемі өсті. Мәселен, XIX ғасырдың 40-шы жылдарында ақшамен түтін салығын төледі. Бұған қоса олардың мойнына көптеген міндеттер жүктелді. Олар жолдарды дұрыстап ұстау, көпірлер салу, су жүретін арықтарды тазалау сияқты істср болатын. Ал мұндай жұмыстарды орындау көп жағдайда науқанды істермен қабаттаса келіп, егіншілерге өте ауыр болып тиетін. Қазақтар жергілікті әкімшілік мүшелерін асырауға, пошта жолымен жүріп бара жатқан шенеуніктерге жол жүргені үшін қаражат беруге, далаға іссапарға жіберілген патша әкім-қызметкерлеріне үй беруге, оларға отын жеткізіп тұруға міндетті болды .
Патша өкіметінің жергілікті әкімшілігі тек әрбір үйден түтін салығы емес, сондай-ақ жер кепелерді, қамыстан салынған күркелерді пайдаланғаны үшін де халықтың кедей топтарынан алым-салық жинады. Алым барлық халықтан бірдей алынды. Ірі бай, орташа, кедей - бәрі бірдей мөлшерде, яғни әр шаңырақ төлеп отырды. Сырдария бойындағы шекаралық өкімет Райым және Қазалы әскери қамалдарын салу үшін мыңдаған қазақ шаруаларын айдап келіп, еріксіз жұмыс істетті. Әскери қару-жарақтар және азық-түлік тасу үшін де қазақтарды күштеп қызметке тартты. Сыр бойындағы жақсы жайылым жерлерді тартып алу, ол жерлерге орыс қоныстанушыларын орналастыру, алым-салықтың көбеюі қазақ кедей шаруаларына өте ауыр тиді. Орыс отаршыларының қанауы бұрынғы Хиуа билеушілерінің тепкісінен әлдеқайда асып түсті. Қазақ еңбекшілері екі түрлі қанаудың - патша өкіметі және жергілікті өз феодалдарының тепкісін бастан кешірді.
Бұл халық арасындағы наразылықты күшейтіп, аяғында келіп ашық көтеріліске ұшыратты. Орыс отарлаушыларына қарсы Сыр қазақтарының көтерілісі 1856 жылы желтоқсан айында басталды. Көтерілістің басында Жанқожа батыр тұрды. Сонымен көтерілістің басталуының негізгі себебі Орынбор әкімшілігінің шешімі бойынша қазақтардың еріксіз жұмыстарға жегілуінде, жолды пайдаланудағы, керуендерге қызмет көрсетудегі ауыр салықтар да, сондай-ақ патша өкіметінің қоныс аударушылық саясатында жатты. 1856 жылы патша әскерлері мен көтерілісшілер арасындағы тікелей соғыс қимылдары басталды. Көтеріліс бүкіл Қазалы өңірін қамтыды, бұл уақытта Жанқожаның қаруланған жасақтарының саны 1500-ге дейіп жетті. Көтеріліске тек Шекті руының адамдары ғана емес, басқа рулар да, соның ішінде құмды аймақтардағы көшпелілер де қатысты. Нәтижесінде көтерілісшілердің саны ең әуелі үш мыңға, ал 1857 жылдың қаңтар айында бсс мың адамға жетті. Бұл көтеріліс кезінде Жанқожа өзінің жақсы меңгерген әскери әдісін қолданды, ол 1856 жылдың аяғында Қазалы фортын қоршауға алды. Бұған дейін көтерілісшілер казак-орыс тұрған Солдатская слобода поселкісін жойды. Көтерілісшілерге Қазалы фортында орналасқан Михайловтың отряды қарсылық көрсетті. Оның құрамында казак-орыс жүздігі, елу жаяу әскср, бір зеңбірек болатын. Осы шайқастың барысы азғантай топтан құралған көтерілісшілер жасағының жеңілісімен аяқталды.
1856 жылы 19-23 желтоқсан аралығында көтерілісшілер тобы патша әскерлерінің майоры Булатов қолбасшылық еткен екінші бір отрядпен шайқасты. Бұл соғыс қимылдары желтоқсан айының аяғына дейін алма-кезек басымдықтармен жүрді. Көтерілісшілер фортқа жақын жердегі дайындалған 150 шөмеле шөпті өртеп жіберді. Көтерілісшілердің басты орталығы бұл кезде Сырдарияның жағасына орналасқан Жаңақала қамалы болды .
Көтерілістің кеңінен таралуы Орынбор генерал-губернаторы әкімшілігін қатты састырды. Оның бұйрығымен көтерілісті басу үшін Ақмешіттен генерал-майор Фитингоф бастаған әскери топ жіберілді. Оның құрамында 300 казак-орыс, 320 жаяу әскер, үш зеңбірек және екі ракеталық /зеңбірек орнататып/ қондырғы кірді. Көтерілісшілермен шешуші шайқас 1857 жылы 9 қаңтарда Қазалыға жақын жердегі Арықбалық мекенінде жүрді. Зеңбірек, мылтықпен жақсы қаруланған Фитингофтың әскерлеріне қарсы Жанқожаның ақ туын көтерген көтерілісшілер бірнеше рет шабуыл жасады. Бірақ Жанқожа сарбаздарының шабуылы сәтсіздікпен аяқталып, аман қалғандары бытырап тарап кетті. Ауыр жараланған Жанқожаны сарбаздар шайқас болған жерден алып шығып, қауіпсіз жерге жасырды. Көтерілісшілерді жеңген Фитингоф әскерлері енді олардың ізіне түсіп, жазалауға кірісті. Олар қазақтардың 212 үйін өртеп, көптеген малдарын, соның ішіндк 20 мыңнан аса ірі қара малдарын тартып алды.
Жанқожа бастаған көтерілісшілер Сырдарияның оң жағалауына, ондағы Хиуа хандығының жеріне өтуге мәжбүр болды. Жанқожамен бірге 20 шақты қазақ ауылдары көшіп кетті. Жанқожа мұнда Хиуа, Бұқара немесе Қоқан хандары тарапынан өзіне одақтастар табуға әрекеттенді, бірақ оның бұл саясатынан ештеме шықпады. Қазақтардың Жанқожа Нұрмұхамедов қолбасшылық еткен көтерілісі осылай аяқталды.
Көтерілістің жеңілуінің басты себебі, оның жете ұйымдаспағаны және ол кезде күшті қаруланған патша әскерлеріне, ешқандай зеңбірегі, ататын мылтығы да жоқ, қазақ жасақтарының қарсы тұруы мүмкін емес еді. Көтеріліс Сыр бойы шеңберінен аспады. Соғыс қимылдары барысында ескі мешеу әскери тактика қолдану, ортағасырлық тәртіптерге сүйену көтерілістің жеңілуіне әкелді. Бұдан басқа бай феодалдарының сатқындығы да өз әсерін тигізді. Көтерілісті басқаппан ксйіп патша әскерлері бұқара халықты топауға кірісті. Тек бір ғана Кузьминский басқарған әскери топ қазақ ауылдарын талқандап, ондағы малдардыцң барлығын айдап әкетті. Көптеген адамдар қырғынға ұшырады, жазалаушылар қарттарды да, әйелдерді де, балаларды да аямады.
Жазалау барысында қарапайым халық зардап шекті. Көтерілістен кейін Жанқожаның өзі халықтан бөлініп, тек бидің қызметін атқарды, кейін оны жаулары опасыздықпен өлтірді. Бірақ осыған қарамастан Жанқожа Нұрмұхамедұлы басқарған 1856-1857 жылдары болған Сырдария қазақтары көтерілісінің тарихи маңызы өте зор. Өйткені, ол патша өкіметінің отарлау саясатына қарсы халық-азаттық қозғалыс еді. Оған Арал өңіріндегі әр түрлі руларға жататын қазақтардың едәуір болігі қатысты көтерілісшілер арасында Кішкене шекті руларына жататын қазақтар басым болды.
Патша өкіметінің отарлау саясатына қарсы бас көтерулердің бірі - Есет Көтібарұлы басқарған Кіші жүз қазақтарының көтерілісі. Бұл көтеріліс 1853-1858 жылдар арасын қамтыды. Көтерілістің шығуының басты себебі - Арал теңізінің батыс жағындағы Үлкен және Кіші Борсықты, Сам құмын, Сағыз және Жем өзендерінің бойын мекендеген Шекті руы қазақтарына түтін салығының салынуы және жылдан-жылға патша үкіметінің қысымының күшеюімен байланысты еді. Кіші жүз халқына әсіресе, патша үкіметінің қазақ жерінде әскери бекіністер меп экспе-дициялар үшін жүк таситын күш-колік беруі қиынға түсті. Көтерілістің басталуының тағы бір себебі, патша үкіметінің Ембі өзені, Арал теңізі жағалауында әскери бекіністср салуы бұл жерлерді мекендеген Кіші жүз руларының қыстауы мен жазғы жайылымдарының өрісін тарылтты. Міне, мұның барлығы халықтың наразылығын күшейтіп, аяғына Есет Көтібарұлы бастаған көтеріліске алып келді.
XIX ғасырдың 50-жылдардын басында Есет Көтібарұлы орыстардың отарлауына қарсы белсенді күрес жүргізіп, Арал теңізіне бет алған Ресей әскерлеріне қатты қарсылық көрсетті. Орынбор өкімет орындары өзіне Есетті қайткенде де ұстауды және оны патша үкіметін мойындауға мәжбүр етуді мақсат етіп қойды. Оны ұстауға подполковник Кузьминский мен Дерышев, сондай-ақ майор Михайлов басқарған жазалау отряды жіберілді. Олар көтеріліске қатысушыларды және Арал теңізінің Оңтүстік Батыс жағалауындағы бейбіт халықты аяусыз жазалады.
1855 жылдың жазында көотерілісті басу үшін Орынбордағы патша әкімшілігі сұлтан Арыстан Жантөрин басқарған қазақ жасақтарын жіберді. Оғап сұлтан Таукеин, ал Орал бекінісінен майор Михайлов казак-орыс әскерлерімен аттанды. Көтерілісшілер мен патша әскерлері арасында қырғын шайқастар жүрді. Сол жылдың 8-шілде күні Есеттің жасақтары күтпеген жерден А. Жанторин сұлтанның лагеріне шабуыл жасап, сұлтанды және оншақты би-старшындарды өлтірді. Алайда, оқ-дәрісі мол мылтықтармен қаруланған патша әскерлерінен көтерілісшілер шегінуге мәжбүр болды. Қақтығыс барысында қолға түскен Есеттің 18 адамын патша әкімшілігі Сібірге айдап, үш адамын атуға жарлық берді. Е. Көтібарұлы өзінің қалған жасақтарымен Үлкен және Кіші Борсық құмына, Үстіртке өтіп патша әскерлеріне қарсы күтпеген жерден шабуылдар жүргізді .
Көтерілістің соңғы кезеңінде, яғни 1857-1858 жылдары Есет Көтібаров өз ауылдарымен бірге Арал теңізінің жағалауына жақын хиуалық Қоңырат қаласы қазақтарының арасында болды. Есет батыр Ресейге қарсы күресті жалғастыру үшін Хиуа ханынан әскери көмек сұрады. Бастапқыда хан Есет батырға 2500 адам бөлуге уәде берді, бірақ кейін ол өз уәдесінен айнып қалды. Бұған қоса патша үкіметінің әкімшілігі көтеріліске қатысушылар арасына қазақтың рулық үстем топтары қатарынан тыңшылар жіберді. Бұл көтерілісшілерді әлсіретуге едәуір әсерін тигізді.
1858 жылы қыркүйекте Бородин басқарған патша әскерлері Есет батыр бастаған көтерілісшілерді Сам құмында біржолата талқандады. Осыдан кейін Есет Көтібарұлы патша әкімшілігінің ұсыныстарын қабылдап, келісімге келуге көнді. Ол көтерілістен бас тартып, патша өкіметіне адал қызмет жасауға уәде берді.